绘制基因对细胞类型特定染色质可访问性的影响,并使用单核ATAC-seq在周围血液中的复杂免疫特征变异进行注释
Paola Benaglio1, Jacklyn Newsome2, Jee Yun Han3
1Department of Pediatrics, University of California San Diego, San Diego, California, United States of America.
PLoS genetics
|June 8, 2023
概括
这项研究使用单核ATAC-seq来绘制免疫细胞染色质可访问性的遗传影响. 它识别了与复杂特征相关的细胞类型特定的调节变异,进步了我们对基因调节的理解.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 基因调节是特定于细胞类型的,需要高分辨率的分子表型化来理解复杂的特征变异.
- 非编码基因变异的功能需要细胞类型特定的分析来将它们与复杂的特征联系起来.
研究的目的:
- 在不同的免疫细胞类型中进行单核ATAC-seq和基因定型,以映射染色质可访问性QTLs (caQTLs).
- 识别影响复杂免疫特征的细胞类型特定遗传变异,并注释它们的目标基因.
主要方法:
- 单核ATAC-seq (snATAC-seq) 和对来自13个个体的外周血液单核细胞进行基因定型.
- 染色体可访问性配置文件的聚类,以识别17种免疫细胞类型和亚型.
- 使用单细胞共同可访问性绘制caQTL和标注目标基因的地图.
主要成果:
- 在17种免疫细胞类型中确定了6,901个caQTL (FDR < .10) 和4,220个caQTL (FDR < .05).
- 发现了特定于细胞类型的caQTLs,包括大量组织检测中遗漏的变体.
- 将622个候选因果变异与16个复杂的免疫特征联系起来,观察到细胞类型特定的影响.
- 验证了一种与1型糖尿病相关的变异 (rs72928038) 影响BACH2在原始CD4+T细胞中.
结论:
- 单核ATAC-seq在细胞类型分辨率下对染色质可访问性的遗传影响进行映射是有效的.
- 鉴定了细胞类型特定的遗传变异及其在复杂免疫特征中的调节作用.
- 为了解免疫调节的遗传结构提供了宝贵的资源.
