快速识别莉花病毒 H 感染 Ixora coccinea 的纳米孔元转录组学
Sung-Woong Kim1, Hyo-Jeong Lee1, Sena Choi2
1Department of Applied Biology, Institute of Environmentally Friendly Agriculture, Chonnam National University, Gwangju 61185, Korea.
The plant pathology journal
|June 9, 2023
概括
全球贸易和气候变化传播植物病毒. 研究人员使用快速纳米孔测序在Ixora coccinea中发现了一种新的莉花病毒H (JaVH) 菌株,有助于未来的病毒监测.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 全球气候变化和国际贸易增加了新型植物病毒引入的风险.
- Ixora coccinea植物表现出类似病毒的叶子症状,如马赛克和轻微的斑点.
研究的目的:
- 为了识别导致Ixora coccinea症状的病毒病原体.
- 鉴定病毒的完整基因组序列的特征.
- 为了证明纳米孔测序对快速植物病毒诊断的有用性.
主要方法:
- 在 Ixora coccinea 中观察到类似病毒的症状.
- 来自牛津纳米孔技术的MinION便携式测序平台被用于病原体识别.
- 进行全基因组测序以确定病毒遗传物质.
- 用RNA-依赖RNA聚合酶和外衣蛋白序列进行了植物遗传分析.
主要成果:
- 确定了莉花病毒H (JaVH-CNU) 的完整基因组序列 (3867 nt).
- JaVH-CNU与现有的Jasminum sambac JaVH分离物共享了88.4-90.3%的核酸同一性.
- 遗传学分析表明,JaVH-CNU与其他JaVH分离物形成了一个不同的群体.
- 这标志着第一个被记录的自然感染Ixora coccinea由JaVH.
结论:
- 莉花病毒H自然感染Xxora coccinea.
- 快速纳米孔测序是植物病毒识别和诊断的有效工具.
- 这项技术可以在全球范围内加强植物病毒监测工作.
