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Lasse Meyer1,2,3, Nils Eling1,2, Bernd Bodenmiller1,2

  • 1Department of Quantitative Biomedicine, University of Zurich, Zurich, Switzerland.

bioRxiv : the preprint server for biology
|June 9, 2023
PubMed
概括
此摘要是机器生成的。

Cytoviewer是一个用户友好的R包,用于对高度多重化的成像数据进行交互式可视化. 它有助于探索单细胞空间生物学,为研究人员提供质量控制和假设测试.

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科学领域:

  • 计算生物学 计算生物学
  • 生物信息学是一种生物信息学.
  • 图像分析 图像分析

背景情况:

  • 高多重成像产生复杂的,高维的数据集,需要先进的可视化工具.
  • 交互式探索对于空间生物学研究中的质量控制和假设生成至关重要.
  • 现有的工具可能缺乏用户友好性或与单细胞分析工作流程的无集成.

研究的目的:

  • 介绍cytoviewer,一个R/生物导体包,用于对多重成像数据的交互可视化.
  • 为探索空间单细胞数据和多通道图像提供一个用户友好的工具.

主要方法:

  • 一个R/生物导体包的开发,细胞观察器.
  • 实现多道图像和细分面具的交互式可视化功能.
  • 与生物导体对象的集成,如单细胞实验和空间实验.

主要成果:

  • Cytoviewer 可灵活生成图像复合物和并排通道可视化.
  • 使用细分面具,方便对单细胞数据进行空间可视化.
  • 在癌症患者的成像质细胞计数据集上展示了功能.

结论:

  • Cytoviewer提高了分析高度多重化的成像数据的可访问性和效率.
  • 它使研究人员能够进行质量控制和探索组织内的空间关系.
  • 该工具在成像质细胞计数据集上进行了演示,突出显示了它在癌症研究中的实用性.