在体内发育的牛卵细胞和植入前胚胎中进行基因间转录
Saurav Ranjitkar1, Mohammad Shiri2, Jiangwen Sun2
1University of Connecticut.
Research square
|June 9, 2023
概括
这项研究揭示了牛卵细胞和胚胎中丰富的基因间转录,称为读出和读入,与DNA甲基化模式无关. 这些发现揭示了早期发育过程中的新型转录调节.
科学领域:
- * 分子生物学 * 分子生物学
- * 发育生物学 发育生物学
- * 基因组学 是一个学科.
背景情况:
- *跨基因转录,包括读透和新发动,已知在培养细胞中,并被压力因素放大.
- * 它在自然生物样本中的作用和表征,特别是具有动态DNA甲基化的植入前胚胎,仍未得到充分研究.
研究的目的:
- 调查牛卵细胞和植入前胚胎发育过程中体内基因间转录的流行率和特征.
- 探索这些早期发育阶段的基因间转录和DNA甲基化模式之间的关系.
主要方法:
- 利用自动读透转录检测 (ARTDeco) 来分析体内发育的牛卵细胞和胚胎的转录组数据.
- 量化和表征不同类型的基因间转录 (读出,读入,读透) 和它们与参考基因的关联.
- 评估了与基因间转录相邻区域的DNA甲基化密度,并分析了转录因子结合动机和多基化信号.
主要成果:
- 在牛卵细胞和胚胎中发现了大量的基因间转录,称为read-outs和read-ins,read-through不太常见.
- 观察到基因间转录与特定的参考基因相关,并由发育阶段调节,许多转录表现出差异性表达.
- 在邻近地区的基因间转录和DNA甲基化水平之间没有发现显著的相关性,尽管观察到甲基化密度下降.
结论:
- *在体内发育的卵细胞和植入前胚胎表现出广泛的基因间转录.
- * 这些转录在很大程度上独立于邻近基因组区域的广泛DNA甲基化变化.
- *转录因子结合动机和多基化信号的存在表明了新的转录启动和RNA处理事件.
