预先对接的运动范式 Zearalenone水解酶预测与分子动力学和对接阶段与雨采样
Xi-Zhi Hong1, Zheng-Gang Han1, Jiang-Ke Yang1
1Pilot Base of Food Microbial Resources Utilization of Hubei Province, College of Life Science and Technology, Wuhan Polytechnic University, Wuhan 430024, China.
Molecules (Basel, Switzerland)
|June 10, 2023
概括
使用神经关系推理,绘制了泽拉伦酸 (ZHD) 酶动态图. 该研究确定了一种全性通路,揭示了ZHD如何打开其帽子域来降解菌毒素泽拉伦 (ZEN).
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 菌毒素研究 菌毒素研究
背景情况:
- 泽拉伦 (ZEN) 是一种由类真菌产生的流行性雌激素菌毒素,对动物造成健康风险.
- 泽拉氨酸化酶 (ZHD) 降解ZEN变成一种无毒的化合物,但其与ZEN的动态相互作用尚不清楚.
研究的目的:
- 开发一个计算管道,用于识别ZHD的全性途径.
- 在催化过程中阐明ZHD和ZEN之间的动态分子相互作用.
主要方法:
- 身份分析以确定保存的蛋白质序列.
- 神经关系推理 (NRI) 模型应用于分子动力学模拟 (1微秒).
- 雨采样用于联结蛋白复合体对接,MMPBSA和PMF用于能源分析.
主要成果:
- 该NRI模型在ZHD中确定了一个全性通路,具体分析了139-222.22的残留物.
- 观察到ZHD的帽子域在催化过程中打开,类似于静血带.
- 雨采样显示,在联体对接过程中,有正方形的三明治形状;能量分析显示MMPBSA (-8.45 kcal/mol) 和PMF (-1.95 kcal/mol) 结果之间存在差异.
结论:
- 一个使用NRI的新型管道有效地确定了ZHD的全性通路.
- 这项研究为ZHD在ZEN降解过程中的动态构造变化提供了新的见解.
- MMPBSA的能量计算与之前的发现一致,这表明它在ZHD-ZEN相互作用研究中的实用性.
