评估下一代元基因组测序的质量,以检测下呼吸道感染中的病原体
Zhenli Diao1,2,3, Yuanfeng Zhang1,2,3, Yuqing Chen1,2,3
1National Center for Clinical Laboratories, Institute of Geriatric Medicine, Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing Hospital/National Center of Gerontology, Beijing, People's Republic of China.
Clinical chemistry
|June 12, 2023
概括
这次多中心质量评估评估了传染病诊断的下一代元基因组测序 (mNGS). 它确定了mNGS测定中的错误来源,这对于改善临床实验室性能和确保准确检测病原体至关重要.
科学领域:
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
- 分子生物学分子生物学
- 传染病研究传染病研究.
背景情况:
- 基因组下一代测序 (mNGS) 越来越多地用于传染病诊断.
- 质量控制对于确保可靠的mNGS测定结果至关重要.
研究的目的:
- 在下呼吸道感染中检测病原体的mNGS试验进行大规模的多中心质量评估.
- 仔细检查mNGS检测病原体的能力,并评估结果的解释.
主要方法:
- 使用了含有人工微生物群落和真实临床样本的参考面板.
- 122个实验室参与了评估.
- 评估可靠性,错误阳性/负性的来源,以及结果的解释.
主要成果:
- 在实验室中观察到性能显著变化 (F1分数0.20-0.97).
- 大多数假阳性来自于"湿实验室"程序;在"湿实验室"期间的序列损失导致了大多数假阴性.
- 检测极限有所不同:病毒>10^4副本/毫升被检测到>80%的实验室,而细菌/真菌<10^3副本/毫升被检测到>90%的实验室.
- 尽管检测到病原体,但很大一部分参与者未能达到正确的病因学诊断.
结论:
- 澄清了临床mNGS中假阳性和假阴性结果的来源.
- 强调需要改善临床mNGS实验室的方法开发和质量控制.
- 对于减少错误结果和实施监管质量控制至关重要.
