长时间阅读测序揭示了外体阴性性神经的内基因缺失

科学领域:

• 遗传学 是一个遗传学.
• 神经科学是一个神经科学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 遗传性性 (HSP) 是一组多样化的神经退行性疾病,导致下肢逐渐性和虚弱.
• 已知有88种HSP亚型 (SPG),需要先进的诊断工具.
• 目前的诊断方法,如外体测序 (ES),可以错过某些遗传变异.

研究的目的:

• 评估长读测序在鉴定异构序列测序负的患者中HSP遗传原因的有效性.
• 为了检测短读测序技术具有挑战性的内基因删除.

主要方法:

• 在八个家庭的十个HSP病例上进行了外体序列 (ES) 测序.
• 长读序列被应用于来自五个家族的七个ES阴性HSP病例.
• 进行了以ES为基础的复制数变化 (CNV) 分析.

主要成果:

• 在10例HSP病例中的3例中,外基组测序确定了致病变体.
• 长读测序检测到四个家族中的SPAST基因内基因缺失,以及ES阴性病例中一个家族中的PSEN1缺失.
• 这些删除范围从4.7到12.5kb,涉及1-7个表原体,并且完全包含在单个长读数中.
• 基于ES的CNV分析无法准确检测这些删除.

结论:

• 长读测序在检测HSP患者的大型内基因缺失方面非常有效.
• 这项技术显著改善了HSP病例的诊断产量,在这些病例中,外基因组测序是不确定的.
• 长读测序为发现神经退行性疾病中复杂的遗传变异提供了宝贵的工具.