准确,非破坏性和高通量金鱼 (Macquaria ambigua spp.) 的年龄估计. 使用DNA甲基化
Benjamin Mayne1, Tom Espinoza2, David A Crook3
1Environomics Future Science Platform, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO), Indian Ocean Marine Research Centre, Crawley, WA, Australia. benjamin.mayne@csiro.au.
Scientific reports
|June 12, 2023
概括
表观遗传钟提供了一种非致命的方法来估计鱼的年龄,这对保护至关重要. 这项研究成功地使用DNA甲基化来准确预测金鱼的黄金年龄,有助于渔业管理.
科学领域:
- 生态生态学 生态生态学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 渔业 科学 渔业 科学
背景情况:
- 精确的年龄确定对于管理动物种群至关重要,特别是在渔业中.
- 传统的方法,如耳石分析,需要致命的采样,这对保护工作构成了挑战.
- 基于DNA甲基化的表观遗传钟为年龄估计提供了一个有希望的非致命替代方案.
研究的目的:
- 开发和验证表观遗传钟用于金 (Macquaria ambigua) 的非致命年龄估计.
- 为了评估表观遗传时钟的准确性,校准每日,每年和组合的耳石增量数据.
- 为了证明表观遗传钟在支持鱼群和渔业管理方面的实用性.
主要方法:
- 利用斑马鱼 (Danio rerio) 保存的与年龄相关的DNA甲基化位点.
- 使用经过验证的石方法老化的黄金杆校准了三个表观遗传钟:每日钟,一年钟和通用钟.
- 使用皮尔森相关性和中位数绝对误差验证时钟性能.
主要成果:
- 在所有时钟中,在耳石衍生的年龄和表观遗传年龄之间实现了高相关性 (皮尔森相关性>0.94).
- 已证明的低中位数绝对误差:2.4天 (每日时钟),184.6天 (年度时钟) 和74.5天 (通用时钟).
- 每日和通用时钟显示出高精度的黄金座年龄估计.
结论:
- 表观遗传钟是有效的非致命工具,用于估计鱼的年龄.
- 这种方法支持可持续的渔业管理和野生动物保护,通过实现高吞吐量,无致死的年龄数据收集.
- 这项研究强调了保存表观遗传标记在跨物种年龄预测方面的潜力.
