通过中分辨率的映射绘制大麦中的难以捉摸的BaMMV耐药基因rym15
Yaping Wang1, Antje Habekuß1, Rod J Snowdon2
1Institute for Resistance Research and Stress Tolerance, Federal Research Centre for Cultivated Plants, Julius Kuehn-Institute, Erwin-Baur-Strasse 27, 06484 Quedlinburg, Germany.
Molecular breeding : new strategies in plant improvement
|June 13, 2023
概括
这项研究使用中分辨率映射种群解决了大麦温和马赛克病毒耐药性基因 rym15 的冲突标记顺序. 这种方法可以加速识别控制大麦难以表型特征的基因.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 分子生物学分子生物学
- 农业科学 农业科学
背景情况:
- 大麦轻微马赛克病毒 (BaMMV) 显著影响冬季大麦产量.
- BaMMV耐药性基因rym15之前已被映射到6HS染色体上,但在不同的遗传图中,侧边标记的顺序不一致.
研究的目的:
- 为了确定 rym15基因的侧边标记的精确位置.
- 为了实现 rym15基因的基于地图的克隆.
- 建立一个可靠的遗传地图,用于大麦的BaMMV耐药性.
主要方法:
- 开发了两个中分辨率映射种群 (I × C和C × U),分别有342个和180个F2植物.
- 有效的机械注射和F2植物和F3家族的强大的表型化,以获得BaMMV耐药性.
- 使用50K Infinium芯片进行基因型定型,SNP与大麦参考基因组结合,并开发8种KASP试验,用于高通量标记分析.
主要成果:
- 在F2种群中的表型分离比率表明单个衰退性抗性基因 (rym15).
- 新建的基因图表显示了标记的对直线顺序,解决了以前的差异.
- 识别高通量侧边标记物,显著减少基因克隆的目标间隔.
结论:
- 中等分辨率的映射群体与精确的表型结合在一起,对于解决冲突的标记器顺序是有效的.
- 这一策略加速了对具有具有挑战性的表型特征的候选基因鉴定,特别是在参考基因组和全基因组基因型的时代.
- 这项研究为 rym15 locus 提供了一个精细的地图,促进了对大麦中 BaMMV 耐药机制的进一步研究.
