在环境样本中量化抗生素耐药性基因的通用单位

科学领域:

• 环境科学环境科学
• 微生物学 微生物学
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 抗生素耐药性基因 (ARG) 监测正在扩展到环境部门,以支持"一个健康"的方法.
• 由于方法和生物信息分析的多样性,很难比较不同研究的数据.
• 现有的ARG量化单位缺乏标准化.

研究的目的:

• 为了解决比较不同研究中的ARG监测数据所面临的挑战.
• 为报告ARG量化提出一个标准化,通用的单位.
• 提高环境ARG监测工作的可比性和综合性.

主要方法:

• 对ARG通常使用的量化单位进行审查和分析.
• 评估不同的单位,包括每个基因组的ARG拷贝,ARG密度和RPKM.
• 关于ARG报告的通用单位的建议.

主要成果:

• 目前在ARG分析中使用多个量化单位,导致不一致.
• 对于可靠的数据比较和元分析,需要一个通用单位.
• 提出的单位,每单元的ARG副本,提供了一个标准化的衡量标准.

结论:

• 标准化ARG量化单位对于有效的环境监测至关重要.
• 采用像每单元ARG副本这样的通用单位将改善数据的可比性.
• 这种标准化将加强全球打击抗生素耐药性的努力.