结构放松近似 (SRA) 用于从离子移动性测量中阐明蛋白质结构 (II). 蛋白质复合体 蛋白质复合体
Tyler C Cropley1, Fanny C Liu1, Thais Pedrete1
1Department of Chemistry and Biochemistry, Florida State University, 95 Chieftain Way, Tallahassee, Florida 32306, United States.
The journal of physical chemistry. B
|June 13, 2023
概括
本研究使用计算方法表明,蛋白质结构在很大程度上保留了它们在气相离子流动性/质谱学 (IM/MS) 中的原生接触. 表面改造使这些结构稳定,使它们在分析过程中变态稳定.
科学领域:
- 结构生物学 结构生物学
- 生物物理化学 生物物理化学
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 了解蛋白质复杂结构和与疾病相关的变化对于生物学见解至关重要.
- 电子喷雾电离与混合离子流动性/质谱学 (ESI-IM/MS) 结合,使得蛋白质体的表征成为可能.
- 在气相ESI-IM/MS中保留解决方案结构仍然是一个关键问题.
研究的目的:
- 应用计算结构放松近似 (SRA) 来从原生IM/MS光谱中分配蛋白质复合物的结构 (16-60kDa).
- 评估IM/MS分析期间天然蛋白质结构在气相中被保留的程度.
- 通过IM/MS分析的蛋白质离子中结构重组的机制和程度的研究.
主要方法:
- 使用Bleiholder等人开发的计算结构放松近似法 (SRA). (2019年) 的时间.
- 应用SRA来从实验原生IM/MS数据中分配蛋白质复合物的结构.
- 分析了气相结构变化,包括骨干接触,表面改造和内部特性.
主要成果:
- 计算的IM/MS光谱与实验数据有很好的一致性.
- SRA表示,对于研究的复合体,本地骨干接触在很大程度上保留在气相中.
- 观察到的表面改造增加了约10%的疏水性含量,主要是通过疏水性残留物重组,稳定结构.
结论:
- 在IM/MS测量中,蛋白质复合体在很大程度上保留了本地脊柱接触和内部结构.
- 气相结构变化主要是表面驱动的,增加水性并稳定蛋白质结构.
- 观察到的结构重组是通用的,使蛋白质结构在IM/MS时间表上变态稳定.
