使用CellProfiler进行器官形态,定位和内容的自动细分和定量分析
Sebastiaan N J Laan1,2, Richard J Dirven1, Petra E Bürgisser2
1Internal Medicine, Division of Thrombosis and Hemostasis, Leiden University Medical Center, Leiden, The Netherlands.
PloS one
|June 14, 2023
概括
自动化的CellProfiler管道,OrganelleProfiler和OrganelleContentProfiler,使细胞中的分泌器官,如韦贝尔-帕拉德体 (WPBs),可以进行无偏的量化. 这些工具为各种细胞和器官类型提供高通量分析.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 显微镜和成像技术
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 对焦显微镜对于研究分泌器官来说至关重要,但细胞异质性需要自动分析.
- 量化有机细胞数量,大小,形状和位置需要公正的高通量方法.
研究的目的:
- 开发和验证用于分泌器官的定量分析的自动化CellProfiler管道.
- 评估这些管道在不同细胞类型和特定生物问题的实用性.
主要方法:
- 开发了两个CellProfiler管道:OrganelleProfiler和OrganelleContentProfiler. 这两种管道的发展是非常重要的.
- 管道应用于内皮殖民地形成细胞 (ECFC) 和人类胚胎293T (HEK293T) 细胞的共聚焦图像.
- 使用斐济软件验证管道测量结果.
主要成果:
- 管道准确量化细胞和有机体参数 (数量,大小,形状,定位).
- 证明能够测量维贝尔-帕拉德体 (WPB) 尺寸和局部变化的能力,以响应细胞刺激.
- 成功量化了有机体内或表面的蛋白质局部化 (Rab27A).
结论:
- 开发的管道为各种细胞和器官类型的高处理量化表征提供了强大的,自动化的工具.
- 这些自由可用的和可编辑的管道在细胞生物学研究中显著推进了器官细胞分析.
