在番茄中高效的腺因基编辑器的基因组和转录组范围的非目标分析
Simon Sretenovic1, Yumi Green2, Yuechao Wu3,4
1Department of Plant Science and Landscape Architecture, University of Maryland, College Park, MD 20742, USA.
Plant physiology
|June 14, 2023
概括
腺基编辑器 (ABE) 是精确的基因组编辑工具. 对番茄的研究发现,对ADENINE BASE EDITOR8e (ABE8e) 没有指导RNA依赖的非目标效应,这表明它对植物基因组编辑的安全性.
科学领域:
- 植物生物技术 植物生物技术
- 基因组编辑 基因组编辑
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 腺基编辑器 (ABE) 是植物精确基因组编辑的先进工具.
- 该ADENINE BASE EDITOR8e (ABE8e) 系统显示了A-G基数转换的高效率.
- 对ABE8e进行全面的目标外分析,但在像西红这样的双鱼物种中是有限的.
研究的目的:
- 为了评估在西红 (Solanum lycopersicum) 中的ABE8e潜在的全基因组非目标效应.
- 为了比较ABE8e及其高保真变体ABE8e-HF的目标效率和目标外配置.
- 在基因组和转录基因组层面评估非目标突变.
主要方法:
- 野生类型,控制类型和ABE8e编辑的西红T0线的全基因组测序 (WGS).
- RNA测序 (RNA-seq) 用于分析转录组范围内的变异.
- 对单核酸变异 (SNV) 和突变丰富模式的分析.
主要成果:
- 在ABE8e编辑的番茄植物中没有检测到指导RNA (gRNA) 依赖的目标外突变.
- 编辑和对照植物中的SNV数量相似,没有A-to-G突变的丰富.
- 在基因组或转录组中没有观察到TA动机在突变的腺位上的丰富.
结论:
- 在番茄中,ABE8e表明基因组和转录组范围内的脱效应的风险很低.
- 这些发现支持ABE8e的安全性和精度,用于二叶植物的基因组编辑应用.
- 进一步的研究可能会探索ABE8e在各种植物系统中的实用性.
