ReporTree:以监测为导向的工具,以加强病原体遗传集群和流行病学数据之间的联系
Verónica Mixão1, Miguel Pinto1, Daniel Sobral1
1Genomics and Bioinformatics Unit, Department of Infectious Diseases, National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge (INSA), Lisbon, Portugal.
ReporTree通过自动化遗传集群的识别和表征来简化病原体基因组学监测. 这一生物信息学管道增强了针对传染病控制的公共卫生决策.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 以基因组学为基础的病原体监测对于预防和控制传染病的公共卫生决策至关重要.
- 鉴定和描述病原体遗传集群,包括它们的传播和临床数据的联系,是监测的一个关键但具有挑战性的结果.
- 目前用于探索大型遗传树和元数据的方法耗时且难以复制.
研究的目的:
- 开发一个灵活的生物信息管道,ReporTree,用于快速识别和描述病原体遗传集群.
- 为了促进自动化和可复制的基因组学信息的病原体监测.
- 提供一个支持公共卫生决策的工具,以控制传染病.
主要方法:
- 开发了ReporTree,一个处理多个输入格式和集群方法的生物信息管道.
- 实现了用于识别不同距离值和稳定区域的遗传集群的功能.
- 启用了以监测为导向的报告与元数据 (时间跨度,地理位置,疫苗接种/临床状态) 的生成,并保持了集群命名法.
主要成果:
- ReporTree 快速识别遗传集群,并通过监控元数据对其进行特征化.
- 该管道使用大量细菌病原体 (cg/wgMLST) 和 Mycobacterium tuberculosis (SNP工作流) 的数据集进行了基准测试.
- 对尼塞利亚淋病,SARS-CoV-2和Listeria monocytogenes进行了验证,证明了其在例行监测和疫情检测中的实用性.
结论:
- ReporTree是一个泛病原体工具,用于遗传集群的自动,可复制的识别和表征.
- 它有助于可持续和高效的公共卫生基因组学知情的病原体监测.
- 该工具是以Python 3.8实现的,可以免费使用.
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