基于纳米孔的元基因组测序对传播病毒检测的影响
Koray Ergunay1,2,3,4, Ender Dincer5, Silvia A Justi1,2,3
1Walter Reed Biosystematics Unit (WRBU), Smithsonian Institution, Museum Support Center, Suitland, MD, United States.
Frontiers in microbiology
|June 16, 2023
概括
与PCR相比,元基因组纳米孔测序 (NS) 显著改善了的病毒检测. 这种先进的方法有助于识别各种传播病毒,并监测潜在的动物传染病威胁.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 传播的病毒对公众健康构成重大风险.
- 目前的诊断方法如PCR在检测各种病毒病原体方面存在局限性.
- 大基因组测序为发现病原体提供了一种全面的方法.
研究的目的:
- 评估元基因组纳米孔测序 (NS) 在现场采集的虫中检测病毒的有效性.
- 将NS的性能与传统的基于放大的测试进行比较,例如聚合酶链反应 (PCR).
- 探索NS在识别新型或未被检测到的病毒病原体和理解病毒多样性的潜力.
主要方法:
- 来自土耳其安纳托利亚的40个池被使用基于cDNA的元基因组方法的NS分析.
- 样本之前使用广域或嵌套PCR对克里米亚 - 刚果出血热病毒 (CCHFV) 和京门病毒 (JMTV) 的选.
- 对测序数据进行了分析,以确定虫群体中存在的病毒属,物种和变体.
主要成果:
- 鉴定了来自七个属/物种的11种病毒,显著优于PCR.
- 检测到的传播病毒包括Miviruses (Bole病毒3,新疆mivirus1),类病毒,Jingmen病毒 (JMTV) 和克里米亚-刚果出血热病毒 (CCHFV) 变种.
- 与PCR相比,NS使夸兰贾病毒序列的初始表征成为可能,与PCR相比,JMTV和CCHFV的检测率更高.
结论:
- 甲基因组纳米孔测序在检测虫中更广泛的病毒范围方面超过了传统的PCR.
- NS提供了全面的基因组数据,对于调查病毒多样性和进化至关重要.
- 这种方法对病媒介和临床样本中的病原体监测非常有价值,特别是对监测动物传染性溢出事件的监测.
