在结肠活检,内镜收集和在家收集的便样本中比较肠道微生物组的组成
Christina Nowicki1,2, Lucille Ray1,2, Philip Engen3
1Department of Internal Medicine, Division of Digestive Diseases and Nutrition, Rush University Medical Center, Chicago, IL, United States.
Frontiers in microbiology
|June 16, 2023
概括
微生物组合分析因样本类型而异. 结肠活检显示出最高的多样性,而便样本更相似,影响了肠道微生物组研究结果.
科学领域:
- 微生物组研究的研究.
- 肠道微生物组分析
- 16S rRNA 测序的测序方法
背景情况:
- 肠道微生物群在健康和疾病中起着至关重要的作用,影响代谢物循环.
- 了解微生物组的组成对于研究乳腺癌和胆酸代谢等疾病至关重要.
研究的目的:
- 为了比较三种不同的样本类型的肠道微生物组合:在家里的便,内镜收集的便和结肠活检.
- 评估采样方法对微生物群多样性指标和分类丰度的影响.
主要方法:
- 细菌16S rRNA测序在48名女性 (24名乳腺癌患者,24名对照患者) 的样本上进行.
- 基于Amplicon序列变体 (ASV) 的分析包括alpha多样性 (Chao1,Shannon等). 和β多样性 (布雷-库蒂斯,Unifrac) 的指标.
- 微阵列数据线性模型 (LEfSe) 用于识别差异性种群的丰度.
主要成果:
- 在所有三种样本类型之间观察到α和β多样性的显著差异.
- 与便样本相比,结肠活检显示出最高的微生物群多样性和变异性.
- 便样本 (在家和内镜) 显示出更大的相似性,但在罕见和基因组学上多样化的种群中存在差异. 蛋白质细菌在活检中更高,而动态细菌和固态细菌在便中更高.
结论:
- 采样方法显著影响肠道微生物组合分析,特别是在使用基于ASV的方法时.
- 研究人员在解释微生物组数据时必须考虑样本类型,以确保准确的结论.
