在污染了锡的样本中过度估计DNA的定量PCR
Dan Nana Osei Bonsu1,2, Denice Higgins2,3, Claire Simon4
1Chemistry and Forensic Sciences, Griffith University, Nathan, Brisbane, Queensland, Australia.
Journal of forensic sciences
|June 16, 2023
概括
离子在使用Quantifiler Trio qPCR的法医DNA量化中造成了显著的高估. 这种意想不到的干扰凸显了在法医工作流程中进行测试特定质量检查的必要性,以确保准确的DNA分析.
科学领域:
- 法医科学 法医科学 法医科学
- 分子生物学分子生物学
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 金属离子可以干扰法医DNA分析,可能降解DNA或抑制PCR.
- 不准确的DNA量化可以导致短串重复 (STR) 分析的成功率降低.
研究的目的:
- 研究各种金属离子对法医DNA分析中使用的定量PCR (qPCR) 试验的影响.
- 为了确定测试特异性干扰,特别关注锡 (Sn) 离子的意想不到的影响.
主要方法:
- 在不同的度下将不同的金属离子入人类基因组DNA样本中.
- 通过使用QuantifilerTM Trio DNA量化套件和内部SYBR Green测试来评估DNA量化.
- 分析原始和多组分光谱图,以了解干扰的机制.
主要成果:
- (Sn) 离子导致DNA度的显著高估 (至少是38000倍) 在Quantifiler Trio测试中.
- 在0.1毫米以上的度下,sn离子抑制了Quantifiler Trio的被动参考染料 (Mustang PurpleTM).
- 使用ROXTM或经过DNA净化后的SYBR绿色试验没有观察到这种Sn诱导的干扰.
结论:
- 金属污染物,特别是锡,可以以意想不到的方式干扰基于qPCR的DNA量化,以测试依赖的方式.
- 这些发现强调了qPCR作为质量控制步骤的重要性,以确定在STR放大之前潜在的样本清理需求.
- 法医实验室必须意识到锡污染的风险,这可能导致某些证据类型的DNA量化不准确.
