清细胞细胞癌的综合性转录组和蛋白质组分析开发出与血栓相关的预后分类器
Xiaolei Shi1, Qingyang Pang1, Xinwen Nian1
1Department of Urology, Changhai Hospital, Naval Medical University, 168 Changhai Rd, Shanghai, 200433, China.
Scientific reports
|June 16, 2023
概括
这项研究揭示了清细胞细胞癌与静脉瘤血栓的分子特征. 一个六基因分类器准确地预测了患者的存活率,有助于对这种侵袭性癌症进行亚型和治疗决策.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 带有静脉瘤血栓 (VTT) 的清晰细胞细胞癌 (ccRCC) 由于预后不佳而构成重大挑战.
- 了解VTT的分子基础对于开发向疗法和改善患者治疗结果至关重要.
研究的目的:
- 通过整合性转录组和蛋白质组分析,通过VTT识别ccRCC与VTT的独特分子特征.
- 开发和验证ccRCC患者VTT的预后分类器,以帮助分子亚型和治疗选择.
主要方法:
- 进行了RNA测序和质谱测试,对来自ccRCC患者的正常瘤 - 血栓组织三倍进行测序.
- 使用了统计分析,基因本体学 (GO) 和KEGG通路丰富,以及蛋白质-蛋白质相互作用网络构建.
- 使用考克斯回归开发了一个六基因预后分类器,并在一个独立的队列中得到验证.
主要成果:
- 转录组分析确定了1131个与瘤发生相关的和856个与侵袭相关的差异表达基因 (DEG).
- 蛋白质组分析揭示了597种与瘤发生相关的和452种与侵袭相关的差异表达蛋白 (DEP),其中包括DNA复制和PPAR信号通路的丰富.
- 六基因分类器 (DEPTOR,DPEP1,NAT8,PLOD2,SLC7A5,SUSD2) 在初级和验证队列中都显示出对患者生存的显著预测能力.
结论:
- 综合性分析揭示了与ccRCC中VTT相关的截然不同的转录和蛋白质基因特征.
- 开发的六基因预后分类器有望促进分子亚型和指导ccRCC患者的治疗策略.
