安普利康测序允许对密切相关的寄生虫物种进行差异定量:来自动物Coccidia (Eimeria) 的一个例子
Susana C M Ferreira1,2, Víctor Hugo Jarquín-Díaz3,4,5,6,7, Emanuel Heitlinger3,4
1Division of Computational Systems Biology, Center for Microbiology and Ecological Systems Science, University of Vienna, Djerassipl. 1, 1030, Vienna, Austria. susana.ferreira@univie.ac.at.
Parasites & vectors
|June 17, 2023
概括
安普利康测序准确量化了便中的寄生虫DNA,区分了Eimeria物种. 这种方法可以揭示感染.
科学领域:
- 寄生虫学的寄生虫学
- 分子生物学分子生物学
- 生态生态学 生态生态学
背景情况:
- 在寄生虫学研究中,量化寄生虫感染强度至关重要.
- 定量聚合酶连锁反应 (qPCR) 提供了高通量DNA量化,但缺乏物种特异性.
- 来自标记基因测序的扩大序列变异 (ASV) 可以区分共感染物种并揭示社区多样性.
研究的目的:
- 将qPCR与基于测序的放大进行比较,以量化小鼠中的寄生虫Eimeria.
- 用多个安普利康来对天然室内老鼠群体中的Eimeria物种进行差异量化.
- 评估amplicon测序在便样本中的寄生虫物种区分和量化方面的潜力.
主要方法:
- 实验性感染小鼠与Eimeria. 在小鼠.
- 量化聚合酶连锁反应 (qPCR) 与标准和基于微流体的PCR进行测序的比较.
- 采用多个安普利康和植物遗传学分析来识别和量化物种.
主要成果:
- 基于测序的量化证明了高准确度.
- 在自然感染的小鼠中,通过遗传学分析和共发生网络,分辨出了三种Eimeria物种.
- 埃梅里亚 spp. 的种类. 丰度与小鼠的身体状况有负面关联,独立于采样地点.
结论:
- 安普利康测序为便材料中特定物种的寄生虫量化提供了显著的潜力.
- 该研究确定了Eimeria感染对大鼠在自然环境中的身体状况的负面影响.
- 这种方法提高了对寄生虫社区动态和宿主-寄生虫相互作用的理解.
