从单细胞转录组学研究中对目标基因的优先级和功能验证.

科学领域:

• 生物医学研究的研究.
• 分子生物学分子生物学
• 翻译医学是一种翻译医学.

背景情况:

• 将学术发现转化为临床实践仍然是医学界的一个重大挑战.
• 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 产生了大量的潜在功能标记物清单,但功能验证往往缺乏.
• 优先考虑候选基因是必不可少的,因为与验证研究相关的时间和成本.

研究的目的:

• 开发一种用于新型或表征不佳的尖端内皮细胞 (EC) 标记基因的in silico优先级的方法.
• 从scRNA-seq数据中识别高级尖端EC标记物,用于功能验证.
• 评估优先基因在血管生成中治疗点发现的潜力.

主要方法:

• 针对基因优先级的创新疗法目标评估指南 (GOFAI) 框架的定制.
• 通过scRNA-seq.识别的尖端EC标记基因的in silico优先级.
• 在内皮细胞中选择候选基因的功能验证.

主要成果:

• 六个高级别,以前未报告或描述不佳的尖端EC标志物候选者被优先考虑.
• 功能验证证实,六个优先候选物中的四个确实起到EC基因的作用.
• 鉴定了一种具有有限前置注释的基因的新型尖端EC功能.

结论:

• 在scRNA-seq数据的in silico优先级,以既定的评估框架为指导,可以有效地识别功能相关的基因.
• 从scRNA-seq获得的验证的尖端EC标记物为治疗标识提供了有前途的途径.
• 不是所有scRNA-seq研究中排名最高的标记物都一定会执行预测的功能,这强调了严格验证的必要性.