净化方法以减少德克斯硫酸盐的干扰,用从大肠炎小猪模型的肠组织样本中基因表达量的量化
Kaitlyn M Sommer1, Youngsoo Lee2, Sharon M Donovan2
1Department of Animal Sciences, University of Illinois, Urbana, Illinois, USA.
Journal of animal science
|June 18, 2023
概括
德克斯硫酸 (DSS) 干扰动物模型中的基因表达分析. 结肠组织RNA的脊柱净化改善了定量实时聚合酶链反应 (qRT-PCR) 结果,但没有一种方法完全有效.
科学领域:
- 动物模型动物模型
- 分子生物学分子生物学
- 胃肠病学 胃肠病学
背景情况:
- 德克斯硫酸盐 (DSS) 广泛用于诱导动物模型中的实验性结肠炎.
- DSS的管理可以干扰定量实时聚合酶连锁反应 (qRT-PCR) 测试,危及基因表达分析.
- 准确的基因表达概况对于理解炎症疾病机制至关重要.
研究的目的:
- 评估不同的信使RNA (mRNA) 净化方法在缓解QRT-PCR中DSS诱导干扰方面的有效性.
- 确定用于涉及DSS治疗动物的基因表达研究的最佳RNA净化策略.
- 评估净化技术对RNA质量和qRT-PCR测定性能的影响.
主要方法:
- 从施用DSS或控制车辆的猪身上收集了结肠组织.
- 用三种方法提取RNA:没有净化,化 (LiCl) 沉和旋转柱过.
- 通过光谱测量 (260/280和260/230比率) 来评估RNA质量.
- 进行定量实时聚合酶链反应 (qRT-PCR) 来测量细胞因子基因表达,循环值 (Ct) 作为测试成功的指标.
主要成果:
- 所有的净化方法都产生了足够质量的RNA (可接受的260/280和260/230比) 并没有影响RNA度.
- 在对照 (非DSS) 猪中,无论净化方法如何,qRT-PCR都是成功的.
- 对于DSS处理的猪,没有任何净化或LiCl净化无法产生可靠的qRT-PCR Ct值.
- 脊柱净化使得大约50%的DSS处理样本能够成功进行qRT-PCR,其性能优于LiCl净化.
结论:
- 脊柱净化比LiCl沉更有效地减少DSS相关干扰在结肠组织的qRT-PCR分析.
- 虽然旋转柱净化可以提高试验成功率,但它不能保证DSS治疗动物的100%疗效.
- 研究人员在解释DSS诱导性结肠炎模型中的基因表达数据时应谨慎行事,考虑到与净化相关的潜在限制.
