评估整个HIV-1基因组序列,以估计南非农村社区的发病率和迁移
Fabrícia F Nascimento1, Manon Ragonnet-Cronin1, Tanya Golubchik2
1Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London, London, UK.
Wellcome open research
|June 19, 2023
概括
在南非对HIV-1遗传序列的植物动力学分析显示,Hlabisa社区的大多数新感染可能源自外部传播,这表明社区间的连接性很高.
科学领域:
- 流行病学 流行病学
- 病毒学 病毒学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 在全球范围内,南非感染艾滋病毒的人数最多 (PLWHIV).
- 在南非各省,艾滋病毒的流行率和传播动态有很大差异.
- 地区性艾滋病毒传播模式仍然不太清楚.
研究的目的:
- 估计南非农村社区Hlabisa的艾滋病毒发病率和社区间传播的比例.
- 分析整个基因组HIV-1遗传序列,以深入了解传播动态.
- 了解外部来源对新的艾滋病毒感染的贡献.
主要方法:
- 对来自2,503个PLWHIV的HIV-1遗传序列 (gag,pol,env) 的分析.
- 使用最大概率和分子时钟模型估计时间尺度上的族系.
- 应用植物动力学模型来估计发病率,传播率和进口感染.
主要成果:
- 植物动力学分析表明,在1980-1990年间,跨基因的流行病增长趋势类似.
- 发病率和感染的有效数量的估计在gag,pol和env基因中一致.
- 2015年,进口到赫拉比萨的传染病的中位数估计为85% (gag),62% (pol) 和77% (env),这表明外部传播很高.
结论:
- 使用植物动力学模型,在gag,pol和env基因中观察到一致的流行动态趋势.
- 发现新感染的可能性很高,不能归因于Hlabisa内的局部传播.
- 这些发现表明,南非农村社区在艾滋病毒传播方面存在着显著的相互联系.
