纽约州低基因组多样性的Salmonella Enteritidis的调查所面临的挑战:调整分析方法的影响和与流行病学数据的相关性
Deborah J Baker1, Amy Robbins2, Jennifer Newman2
1New York State Department of Health, Wadsworth Center, Albany, New York, USA.
Foodborne pathogens and disease
|June 19, 2023
概括
调查大型沙门氏菌集群是很困难的. 改进核心基因组多部位序列类型 (cgMLST) 以更严格的值,并与其他方法结合,有效地将一个大集群划分为可操作的子集群.
科学领域:
- 食品传播疾病的监测监测
- 基因组流行病学基因组流行病学
- 细菌爆发调查调查细菌爆发调查
背景情况:
- 沙门氏菌Enteritidis菌株高度克隆,复杂化了基因组集群的定义.
- 大型基因组集群可以由于其大小和等位基因范围而掩盖共同源爆发.
研究的目的:
- 开发和评估基于实验室的方法来细分大型沙门氏菌Enteritidis基因组集群.
- 用基因组数据改善细菌爆发调查的解决方案.
主要方法:
- 核心基因组多部位序列类型化 (cgMLST) 具有0基因基因值.
- 全基因组多部位序列类型化 (wgMLST).
- 高质量的单核酸多态化 (hqSNP) 分析.
- 综合流行病学数据 (暴露,地理,时间性).
主要成果:
- 一个大的cgMLST集群 (265个分离物,14个等位基因) 通过将等位基因值降低到0被分为34个较小的集群.
- 通过使用wgMLST和hqSNP分析实现了进一步的精细化.
- 结合基因组学和流行病学方法,使可操作的子集群识别成为可能.
结论:
- 在cgMLST中,更严格的等位基因值对于提炼大型细菌集群是有效的.
- 多方法基因组分析与流行病学相结合,提高了剖析复杂疫情的能力.
- 可操作的子集群有助于了解传播动态和控制食源性疾病.
