对菌感染巨细胞的转录组分析揭示了高的MOI 特定的I型IFN信号传输
Yue Ding1, Cheng Bei1, Qinghua Xue2
1Key Laboratory of Medical Molecular Virology (MOE/NHC/CAMS), School of Basic Medical Sciences, Shanghai Medical College, Shanghai Institute of Infectious Disease and Biosecurity and Shanghai Public Health Clinical Center, Fudan University, Shanghai, People's Republic of China.
Infection and immunity
|June 20, 2023
概括
选择正确的感染多重性 (MOI) 对于巨感染研究至关重要. 这项研究表明,不同的MOI引发了不同的免疫反应,高的MOI激活了I型干扰素通路.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 巨细胞 (MΦ) 感染模型对于理解宿主-菌根菌相互作用至关重要.
- 感染的多重性 (MOI) 是一个关键的实验变量,但它在菌根研究中的选择往往是经验性的.
- 需要在真菌细菌感染研究中对MOI选择提供数据驱动的指导.
研究的目的:
- 在Mycobacterium marinum感染期间调查不同感染次数 (MOI) 对巨细胞基因表达特征的影响.
- 识别不同的转录组变化和在不同MOI激活的免疫通路.
- 提供实验数据,以指导MOI选择,用于未来的真菌细菌感染研究.
主要方法:
- 用RNA测序 (RNA-seq) 来分析感染M. marinum的MΦs的基因表达,MOI范围从0.1到50不等.
- 进行了生物信息分析,包括差异表达基因 (DEG) 识别和KEGG通路丰富.
- 用RT-PCR进行蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络分析和光激活细胞分类 (FACS) 来验证发现.
主要成果:
- 不同的MOI诱导了明显的转录基因变化,所有测试的MOI中只有10%的DEG共享.
- 第一种类型的干扰素 (IFN) 途径是剂量依赖的,只有在高的MOI时才丰富,而TNF途径是剂量独立的.
- 菌根细菌的化被确定为驱动I型IFN生产的关键因素.
- 在M. marinum和M. tuberculosis感染模型中,在不同的MOI中观察到明显的转录调节.
结论:
- 感染的多重性显著影响了在真菌细菌感染期间巨细胞中激活的免疫路径.
- 特别需要高的MOI来激活I型IFN通路.
- 这项研究提供了关键的数据,以告知在宿主-菌相互作用研究中针对特定研究问题的适当MOI的选择.
