智利医院MRSA种群的动态:一个基因组学分析 (2000-2016)
José R W Martínez1,2, Paul J Planet3,4,5, Maria Spencer-Sandino1,2
1Genomics & Resistant Microbes (GeRM), ICIM, Facultad de Medicina Clínica Alemana, Universidad del Desarrollo, Santiago, Chile.
Microbiology spectrum
|June 20, 2023
概括
耐甲金色葡萄球菌 (MRSA) 的智利-科尔多贝斯克隆 (ChC) 的频率正在下降,取代了像ST105-SCCmecII.II这样的新兴克隆. 这项研究提供了南美MRSA克隆动态的最大分析.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 甲素耐药黄金葡萄球菌 (MRSA) 是一个重大的公共卫生威胁,在全球范围内观察到克隆传播模式.
- 自1998年以来,智利-科尔多贝斯克隆 (ChC),ST5-SCCmecI一直是智利的主导MRSA克隆,但其长期动态尚未完全理解.
研究的目的:
- 从2000年到2016年,在智利的第三级医疗保健中心描述MRSA的进化史和克隆动态.
- 评估MRSA克隆患病率的时间趋势,并确定新兴的血统.
主要方法:
- 在2000年至2016年期间收集的469个MRSA分离物的全基因组测序.
- 遗传学分析用于重建克隆进化和评估多样性.
- 循环序列类型 (ST) 的时间趋势分析.
主要成果:
- 在研究期间观察到MRSA多样性和丰富性的显著增加 (香农多样性指数从0.221到1.33).
- 克隆的患病率从94.2% (2000-2003) 降至52% (2013-2016).这种疾病的患病率已经从94.2% (2000-2003) 降至52% (2013-2016).
- 两个新出现的MRSA系,ST105-SCCmecII和ST72-SCCmecVI,显示频率增加.
结论:
- 虽然ChC克隆仍然普遍存在,但它正在逐渐被新兴的MRSA克隆所取代,特别是ST105-SCCmecII.
- 这项研究是迄今为止对南美MRSA克隆动态的最大和最详细的分析.
- 这些发现提高了对MRSA传播的理解,并更新了拉丁美洲的分子流行病学.
