数据挖掘用于识别头部和部状癌的诊断和预后生物标志物
Guoyuan Ju1, Zhangyu Yao2, Yanbin Zhao2
1The Affiliated Cancer Hospital of Nanjing Medical University, Nanjing, 210029, China.
Scientific reports
|June 20, 2023
概括
这项研究确定了MYH1,MYH2和MYH7作为头部和部状细胞癌 (HNSC) 的潜在诊断和预后生物标志物. 这些基因的较低表达与更长的存活率相关,这表明它们在HNSC进展和免疫反应中的作用.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 头部和部状细胞癌 (HNSC) 是全球癌症相关死亡的重要原因.
- 确定可靠的诊断和预后生物标志物对于改善HNSC患者的治疗结果至关重要.
- 生物信息学方法为在HNSC等复杂疾病中的生物标志物发现提供了强大的工具.
研究的目的:
- 通过生物信息学分析,确定头角状细胞癌 (HNSC) 的特定诊断和预后分子生物标志物.
- 研究HNSC.中差异表达基因 (DEGs) 的表达模式和预后意义.
- 探索已识别的生物标志物与HNSC.中的免疫细胞透之间的相关性.
主要方法:
- 从癌症基因组图谱 (TCGA) 和UCSC Xena数据库获取突变和基因表达数据.
- 在HNSC和正常组织之间识别差异表达基因 (DEGs).
- 生存分析以评估已识别的DEGs的预后价值.
- 对关键DEG进行泛癌表达分析和免疫细胞透分析.
主要成果:
- 该研究在HNSC中确定了1060个DEG,其中396个是上调的,665个是下调的.
- 在HNSC患者中,ACTN2,MYH1,MYH2,MYH7和NEB的较低表达与较长的整体存活时间有显著的关联.
- 发现MYH1,MYH2和MYH7在HNSC中失调,与其他癌症相比表达较低,表明特异性.
- 所有五种DEGs (ACTN2,MYH1,MYH2,MYH7,NEB) 显示出与CD4+T细胞和巨细胞透具有显著的正相关性.
结论:
- 建议MYH1,MYH2和MYH7作为特定的诊断和预后分子生物标志物用于头部和部状细胞癌 (HNSC).
- 这些基因的表达水平及其与免疫细胞的相关性可能在HNSC病原和患者预后中发挥作用.
- 在临床环境中进一步验证这些生物标志物是有必要的,以改善HNSC诊断和治疗策略.
