开发一种简化且具有成本效益的样本制备方法,用于通过下一代测序对人类乳头瘤病毒进行基因定型
Rungrat Jitvaropas1, Ukrit Thongpoom2, Vorthon Sawaswong3
1Division of Biochemistry, Department of Preclinical Science, Faculty of Medicine, Thammasat University, 10120, Pathum Thani, Thailand.
Archives of virology
|June 20, 2023
概括
这项研究提出了一种简化,具有成本效益的下一代测序 (NGS) 方法,用于人类乳头瘤病毒 (HPV) 基因定型. 这项新技术可以准确检测多种HPV类型,有助于宫癌查.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 高风险的人类乳头瘤病毒 (HPV) 是宫癌的主要原因.
- 目前的临床HPV基因型鉴定方法往往错过了低风险菌株.
- 下一代测序 (NGS) 可以检测出各种HPV类型,但需要复杂的DNA库准备.
研究的目的:
- 开发一种简化且具有成本效益的样本准备程序,用于使用NGS进行HPV基因定型.
- 为了能够检测高风险和低风险的HPV菌株.
- 建立一个可扩展的临床HPV基因定型方法.
主要方法:
- 采用修改后的MY09/11原料进行DNA提取,然后进行两轮PCR.
- 第二轮PCR结合了用于图书馆准备的索引和适配器.
- 在Illumina MiSeq平台上进行高通量测序,并与参考序列进行比较.
主要成果:
- 开发的NGS方法实现了对HPV放大100个副本/μl的检测极限.
- 在正常样本中,HPV66最常见,而在癌前病变和宫癌中,HPV16占主导地位.
- 在HPV基因定型中,NGS技术显示了92%的准确性和100%的可复制性.
结论:
- 简化NGS程序是HPV综合基因定型的成本效益高的方法.
- 这种方法可以准确识别多种HPV基因型,包括低风险菌株.
- 这种技术在预防宫癌方面具有广泛的临床应用潜力.
