一个计算管道的基准,用于单细胞基因素修饰数据

科学领域:

• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 基因组学就是基因组学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 单细胞基因组后翻译修饰 (scHPTM) 试验使复杂组织中的表观基因组景观得以绘制.
• 在scHPTM实验设计和数据分析方面存在挑战,原因是缺乏共识指南.

研究的目的:

• 为了计算基准 scHPTM 测试,并确定数据表示的最佳参数.
• 为scHPTM数据提供实验设计和数据分析管道的指导方针.

主要方法:

• 执行了超过一万个计算实验来评估参数影响.
• 评估覆盖范围,单元号,计数矩阵构造,特征选择,规范化和尺寸缩小.

主要成果:

• 计数矩阵结构显著影响数据表示质量;固定大小的分类优于基于注释的分类.
• 基于隐性语义索引的维度缩小优于其他方法.
• 特征选择是有害的,而高质量的细胞选择对足够的细胞数量产生了最小的影响.

结论:

• 该基准提供了对影响单细胞HPTM数据表示的因素的全面见解.
• 提供了对矩阵构造,特征/细胞选择和缩小维度算法的建议.