BeEM:快速和忠实地将mmCIF格式结构文件转换为PDB格式的文件
1Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan, Ann Arbor, MI, 48109, USA. zcx@umich.edu.
BMC bioinformatics
|June 20, 2023
概括
BeEM是一个新的工具,可以准确地将宏分子晶体信息文件 (mmCIF) 结构文件转换为蛋白质数据库 (PDB) 格式. 这种更快的转换工具支持更长的链 ID,解决现有软件的局限性.
科学领域:
- 结构生物学 结构生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 蛋白质数据库 (PDB) 数据库主要使用mmCIF格式来存储结构数据.
- 许多生物信息学工具仍然依赖于传统的PDB格式,需要可靠的mmCIF到PDB转换.
- 现有的转换器难以处理复杂的mmCIF文件,特别是那些具有多个原子或延长链标识符的文件.
研究的目的:
- 开发一个强大的软件工具,用于将mmCIF结构文件转换为PDB格式.
- 确保在转换过程中准确保留所有原子和链信息.
- 为了提高mmCIF到PDB文件转换的效率和速度.
主要方法:
- 开发了一个名为BeEM的新型转换程序.
- 专注于保留所有原子和链条细节,包括长链ID.
- 优化以避免数字到文本字符串转换,以提高速度.
主要成果:
- BeEM成功地将所有测试的mmCIF文件转换为PDB格式.
- 该工具准确地保留了原子和链信息,包括超过两个字符的链ID.
- BeEM的转换速度至少比MAXIT和Phenix等现有工具快10倍.
结论:
- 在结构生物学中,BeEM为mmCIF转换为PDB的常见任务提供了快速而准确的解决方案.
- 该软件克服了先前转换器在复杂的文件结构和长链标识符方面的局限性.
- BeEM的源代码在BSD许可证下公开提供.
