通过SPARQL对比了通过SPARQL访问现有生物和化学关系数据库的方法
Jakub Galgonek1, Jiří Vondrášek2
1Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the CAS, Flemingovo náměstí 2, 166 10, Prague 6, Czech Republic. jakub.galgonek@uochb.cas.cz.
整合各种生物和化学数据需要互操作的数据库. 本综述探讨了免费的关系数据库 (RDB) 到资源描述框架 (RDF) 映射系统,显示它们为数据可重复使用提供了可行的,高性能解决方案.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 化学信息学 化学信息学
- 数据库互操作性数据库互操作性
背景情况:
- 现代生物和化学研究严重依赖于从各种来源重复使用数据.
- 确保不同数据库系统之间的互操作性对于高效的数据集成至关重要.
研究的目的:
- 审查和比较免费的关系数据库 (RDB) 与资源描述框架 (RDF) 映射系统.
- 评估表达RDB到RDF映射的不同方法.
- 评估这些科学数据映射系统的性能和可行性.
主要方法:
- 各种RDB与RDF映射系统的比较,重点是自由可用的选项.
- 对定义RDB到RDF映射的不同方法的分析.
- 使用现实世界的数据和neXtProt项目的查询进行性能评估.
主要成果:
- RDB-to-RDF映射系统为将关系数据集成到语义网络框架中提供了实用解决方案.
- 这些系统有效地将SPARQL查询转换为SQL,使数据检索能够在不改变原始关系数据库结构的情况下进行.
- 经过审查的系统表现出足够的性能用于实际应用,neXtProt案例研究证明了这一点.
结论:
- RDB-to-RDF映射系统是一种可行的,高性能的方法,可以提高生物和化学研究中的数据互操作性.
- 使用这些系统可以保留原始数据库结构,同时使语义网络数据访问.
- 这些发现支持采用RDB-to-RDF映射,以提高数据的可重复使用性和科学领域的整合性.
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