免疫细胞中细胞表面蛋白和转录因子的COVID-19db链接地图
Koushul Ramjattun1,2, Xiaojun Ma1,2, Shou-Jiang Gao3
1Department of Biomedical Informatics, University of Pittsburgh School of Medicine, Pittsburgh, Pennsylvania, USA.
Journal of medical virology
|June 21, 2023
概括
这项研究介绍了SPaRTAN,一种方法将细胞表面蛋白与COVID-19患者的转录因子 (TF) 联系起来. COVID-19db网络服务器可视化免疫细胞中的这些关联,以找到治疗点.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 严重急性呼吸道综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 导致COVID-19,这是全球卫生危机.
- 了解宿主细胞反应,包括转录因子 (TF) 活性和表面蛋白质表达,对于开发有效的COVID-19治疗是至关重要的.
- 识别像TFs和参与病原发生的细胞表面蛋白质这样的调节剂是关键.
研究的目的:
- 开发和应用一种新的计算方法SPaRTAN,用于整合单细胞蛋白质组和转录组数据.
- 研究COVID-19患者免疫细胞中细胞表面蛋白质和TF活动之间的关联.
- 创建一个公开可访问的Web服务器,COVID-19db,用于探索这些关联,并促进生物标志物发现.
主要方法:
- 开发了SPaRTAN (基于单细胞蛋白质和RNA的转录因子活动网络) 通过将并行单细胞蛋白质和转录蛋白质数据 (CITE-seq) 集成.
- 将SPaRTAN应用于COVID-19患者的CITE-seq数据集,疾病严重程度不同,健康对照.
- 将基因控制信息整合到SPaRTAN框架中.
主要成果:
- 在COVID-19患者的主要免疫细胞类型中,确定了特定细胞表面蛋白和TF活动之间的显著关联.
- 揭示了与COVID-19严重程度相关的蛋白质-TF关联的独特模式.
- 推出了COVID-19db (https://covid19db.streamlit.app/),一个具有这些发现的交互式可视化的网络服务器.
结论:
- 在单细胞数据中,SPaRTAN有效地将细胞表面蛋白质表达与TF活性联系起来.
- COVID-19db数据库为了解免疫细胞对SARS-CoV-2感染的反应提供了宝贵的资源.
- 这些发现可以有助于发现新的治疗点和COVID-19的诊断生物标志物.
