超编码18SrRNA区域选择对微核细胞多样性的影响,包括植物性浮游生物
Yuri S Bukin1, Ivan S Mikhailov2, Darya P Petrova1
1Limnological Institute, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Irkutsk, Russia.
通过比较18SrRNA基因区域进行微核细胞多样性评估,这项研究发现V4和V8-V9区域都有效. 使用Amplicon Sequence Variants (ASVs) 的DADA2算法提供了准确的错误校正,并将微核细胞群与植物浮游生物结构联系起来.
科学领域:
- 生态生态学 生态生态学
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 18S rRNA基因的元编码对于研究生态系统中的微核细胞多样性至关重要.
- 对于18S rRNA基因元编码,存在不同的区域 (V4,V8-V9) 和算法 (DADA2,USEARCH-UNOISE3,USEARCH-UPARSE).
研究的目的:
- 为了比较18SrRNA基因的V4和V8-V9区域对微核细胞元编码的有效性.
- 评估DADA2 (ASV),USEARCH-UNOISE3 (ZOTU) 和USEARCH-UPARSE (OTU) 算法在分析微核细胞群体中的性能.
- 评估已识别的微核细胞群和植物浮游生物群之间的关系.
主要方法:
- 高通量测序的18SrRNA基因安普利康.
- 应用DADA2,USEARCH-UNOISE3和USEARCH-UPARSE算法进行数据分析.
- 幅序列变体 (ASV),ZOTU和OTU的比较.
- 对植物浮游生物群落的基于显微镜的分析.
- 淡水环境的季节性采样.
主要成果:
- V4和V8-V9两个区域都显示出相似的遗传变异性和对种类鉴定的准确性.
- 由于更好的错误校正,DADA2的丰度估计比UNOISE3和UPARSE要低.
- 通过区域和算法识别的微核细胞社区结构与植物浮游生物社区结构有显著的相关性.
- 在植物浮游生物物种和DADA2.2产生的V8-V9 ASV之间观察到最强的相关性.
结论:
- V4和V8-V9区域都适合微核细胞的18SrRNA基因元编码.
- DADA2的强大的错误纠正提供了更准确的社区组成数据.
- 18S rRNA基因元编码有效地捕捉了微核细胞社区的动态及其与植物浮游生物等初级生产者的关系.
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