对哺乳动物细胞培养的开源图像分析工具的审查:算法,特性和实现
Hafizi Malik1, Ahmad Syahrin Idris2, Siti Fauziah Toha1
1Healthcare Engineering and Rehabilitation Research, Department of Mechatronics Engineering, International Islamic University Malaysia, Gombak, Selangor, Malaysia.
PeerJ. Computer science
|June 22, 2023
概括
这篇评论探讨了开源细胞成像工具,用于为生物学家自动化细胞分析. 它强调了可以检测,细分和跟踪细胞形态的交互平台,有助于工具选择和未来的开发.
科学领域:
- 生物技术是生物技术.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 细胞培养对于制药,移植和化品至关重要.
- 对细胞图像进行健康和形态的手动分析是耗时的.
- 生物学家经常缺乏用于自动化细胞成像分析的交互平台.
研究的目的:
- 审查和编译具有交互界面的开源细胞图像处理工具.
- 引导非专家选择适合细胞管理和预测任务的工具.
- 告知开发人员关于在交互式细胞成像工具中未来扩展的领域.
主要方法:
- 编译和审查现有的开源细胞图像处理软件.
- 突出显示用于细胞检测,细分和追踪各种图像模式的工具.
- 识别工具的算法,功能和部署 (本地与云) 的比较.
主要成果:
- 识别和分类提供交互式细胞图像分析的开源工具.
- 工具能力的详细比较,包括哺乳动物细胞形态的检测,细分和跟踪.
- 讨论超出预测任务的潜在更广泛的应用.
结论:
- 开源的交互工具可以显著帮助生物学家在细胞成像分析.
- 进一步的开发应侧重于增强互动性和扩大应用范围.
- 提出了对交互性细胞成像工具开发和未来研究方向的新考虑.
