评估Salmonella enterica在不同血清病毒和来源的表型毒性

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 食品安全 食品安全

背景情况:

• 全基因组测序 (WGS) 对于鉴定食物传播的病原体,如Salmonella enterica,至关重要.
• 粮食基因组有助于评估微生物风险,并制定食物传播病原体的减轻策略.
• 了解病原体毒性因素是控制食源性疾病的关键.

研究的目的:

• 为了确定基因组合是否预测暴露时的沙门氏菌感染概率 (P(inf)).
• 评估S. enterica*入侵潜力与生物膜形成之间的关系.
• 使用全基因组测序和机器学习识别潜在的毒性基因.

主要方法:

• 从各种来源使用WGS对87种*S. enterica*菌株进行了基因组测序.
• 在*体外*胃肠道 (GIT) 模型中确定入侵潜力 (P(inf)).
• 应用一个随机森林 (RF) 模型来预测基于基因存在/不存在的P{inf},并评估P{inf}与生物膜形成.

主要成果:

• *S. enterica* P(inf) 在伺服器和隔离源之间和内部存在很大差异.
• 在GIT模型中,引起高人体感染的血清病毒不一定会表现出更大的入侵.
• 射频模型没有识别出预测P(inf的特定基因;生物膜形成显示出有限的,与入侵的条件依赖的关联.

结论:

• 仅仅基因的存在/缺席不足以预测沙门氏菌感染的可能性.
• 生物膜的形成和侵入潜力似乎由不同的机制来控制.
• 需要使用替代的奥米克方法和假设 (例如,基因表达) 来识别影响沙门氏菌毒性的因素.