tidytof:一个用户友好的框架,用于可扩展和可重复的高维细胞计数据分析
Timothy J Keyes1,2,3, Abhishek Koladiya3, Yu-Chen Lo3
1Medical Scientist Training Program, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA.
Bioinformatics advances
|June 23, 2023
概括
本研究介绍了tidytof,一个简化高维细胞计数据分析的R包. 它为复杂的数据处理提供了一个统一的界面,提高了研究人员的可访问性.
科学领域:
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 高维细胞计数据分析涉及复杂的算法.
- 当前的软件实现通常是定制的,缺乏互操作性.
- 这需要用户学习多个不同的数据处理包语法.
研究的目的:
- 开发一个开源的R包,用于分析高维细胞测量数据.
- 为细胞计量数据分析提供统一和可互操作的解决方案.
- 为了利用"整齐的数据"界面来改善用户体验.
主要方法:
- 开发R包的整顿工作.
- 对数据操纵的"整齐数据"原则的实施.
- 在Linux,MS Windows和MacOS中确保兼容性.
主要成果:
- tidytof为高维细胞计数据分析提供了一种简化方法.
- 该软件包为各种分析步骤提供了一致且可互操作的语法.
- 它提高了研究人员使用复杂的细胞计量数据集的工作可访问性.
结论:
- tidytof解决了细胞计量数据分析中碎片化软件的挑战.
- 该方案促进了该领域的可重复和高效的研究.
- 它有助于研究人员更广泛地采用先进的分析方法.
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