从临床样本中微流体捕获 Mycobacterium tuberculosis,用于无培养全基因组测序

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物技术是生物技术.

背景情况:

• 结核菌菌的全基因组测序 (WGS) 提供了对多样性,耐药性和传播的见解.
• 目前的WGS协议需要高的DNA度,通常通过细菌培养得到,这是一个速度限制的步骤.
• 微流体在单细胞研究中表现有前途,但其用于M.结核病丰富无培养WGS的应用仍未被探索.

研究的目的:

• 评估基于微流体的Capture-XT用于从临床唾液样本中丰富M.结核病.
• 评估使用微流体对M.结核病无培养WGS的可行性.
• 为了确定微流体学是否能提高DNA产量和WGS图书馆准备成功率.

主要方法:

• 临床唾液样本使用Capture-XT处理,这是一个用于病原体度的微流体平台.
• 从丰富和未丰富的样本中提取DNA,用于下游全基因组测序.
• 进行了图书馆准备质量控制和WGS数据分析 (映射深度,读取映射百分比).

主要成果:

• 75%的富含微流体的样本通过了图书馆准备质量控制,而非富含样本的样本只有25%.
• 来自丰富样本的WGS数据取得了足够的质量,映射深度≥25×,读取9-27%的映射到参考基因组.
• 基于微流体的丰富证明了从临床样本中提高DNA产量和WGS成功的潜力.

结论:

• 基于微流体的M.结核病细胞捕获是从临床唾液中丰富细菌的有希望的策略.
• 这种方法可以促进M.结核病的无培养WGS,克服结核病诊断中的一个主要瓶.
• 需要进一步验证,以确定微流体作为TB WGS.的常规方法.