稳定蛋白质的新设计有效抑制瘤性G蛋白
Matthew C Cummins1, Ashutosh Tripathy2, John Sondek1,2,3
1Department of Pharmacology, University of North Carolina School of Medicine, Chapel Hill, North Carolina, USA.
我们开发了一种计算方法,通过将结合动机嵌入到新的蛋白质结构中来设计新型蛋白质抑制剂. 这种方法成功地为Gαq信号通路制造了强有力的抑制剂,而不需要进一步查.
科学领域:
- 蛋白质工程是一种蛋白质工程.
- 计算生物学是一种计算生物学.
- 生物化学 生化学
背景情况:
- 蛋白质疗法通常通过阻断蛋白质-蛋白质相互作用来作为竞争性抑制剂.
- 工程抑制剂涉及将来自本地伴侣的结构动机移植到宿主蛋白质中.
研究的目的:
- 开发和测试用于设计作为竞争性抑制剂的新型蛋白质的计算协议.
- 使用计算式蛋白质设计,为Gαq信号通路创建强有力的抑制剂.
主要方法:
- 使用了"内向外"的计算方法,在一个绑定动机周围构建新的蛋白质.
- 评分功能有利于新的三级联系,避免与目标发生冲突.
- 罗塞塔软件用于序列设计和优化.
- 设计的螺旋蛋白针对的是Gαq/PLC-β相互作用.
主要成果:
- 几种设计的蛋白质表现出高热稳定性 (折叠在90°C以上).
- 工程蛋白与高亲和度 (解离常数<80nM) 结合Gαq.
- 在细胞测试中,设计蛋白抑制了Gαq介导的PLC-β和RhoGEFs的激活.
结论:
- 计算式蛋白质设计与图案移植相结合,可以直接产生强大的蛋白质抑制剂.
- 这种方法绕过了在抑制剂开发中需要高通量选或选择的需要.
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