来自肉牛料场的抗卡巴尼姆细菌的基因组表征

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 碳烯是治疗多药耐药性细菌感染的关键最后手段抗生素.
• 了解在畜牧业中抗卡巴胺细菌 (CRB) 的流行程度,对于"一个健康"的方法至关重要.
• 料场是抗菌素耐药性出现和传播的潜在储存库.

研究的目的:

• 调查加拿大牛料场的抗卡巴胺细菌的发生和特征.
• 确定从料场环境中分离出的碳烯耐药性的遗传基础.
• 为了比较来自料场的细菌的基因组资料与临床分离物.

主要方法:

• 使用埃尔塔尼姆进行选择性丰富,随后对12种抗生素进行抗菌敏感性测试,其中包括4种卡巴尼姆.
• 使用16S rRNA基因测序识别细菌属和物种.
• 全基因组测序 (WGS) 识别碳烯抗性基因并进行比较基因组分析.

主要成果:

• 72%的假定CRB分离物 (n=84) 对埃尔塔烯耐药;27% (n=31) 对其他卡巴烯和多种药物类别耐药.
• 90%的多药耐药分离物是碳烯酶阳性,属于*假马*,*阿西内托巴克特*和*斯诺托霍蒙纳斯*属.
• 内在耐药性基因 (*blaOXA*变体, *blaL1/L2*) 是常见的;发现了一种获得基因 (*blaPST-2*). 临床 *P. aeruginosa* 从基因组上与料区隔离物有所区别.

结论:

• 在阿尔伯塔省的养区中,即使有缩剂,也很少检测到耐卡巴因的细菌.
• 内在的抗药性机制占主导地位,对获得的碳烯抗药性基因的证据有限.
• 临床和料区之间的基因组差异 *P. aeruginosa* 表明了不同的进化路径.