使用RNA-Seq和综合生物信息学方法在中识别与沙门氏菌耐药性相关的SNP
Mashooq Ahmad Dar1,2, Basharat Bhat1, Junaid Nazir1,3
1Division of Animal Biotechnology, Faculty of Veterinary Sciences and Animal Husbandry, Shuhama, SKUAST-Kashmir, Srinagar 190006, India.
Genes
|June 28, 2023
概括
研究人员确定了克什米尔Favorella和肉之间的遗传变异,特别是单核酸多态 (SNPs),以了解沙门氏菌耐药性. 与免疫相关的途径与克什米尔Favorella的抵抗有关,为家禽的基因组选择提供了洞察力.
科学领域:
- 基因组学和家禽科学研究
- 免疫学和疾病抵抗力
- 进行比较基因组学.
背景情况:
- 了解遗传变异对于改善家禽的抗病能力至关重要.
- 沙门氏菌感染对的健康和生产力构成重大威胁.
- 品种之间免疫反应的差异表明存在潜在的遗传因素.
研究的目的:
- 在克什米尔Favorella (耐药) 和肉 (敏感) 之间识别高影响单核酸多态 (SNP).
- 了解编码区域的变化,影响对沙门氏菌感染的免疫反应.
- 确定与疾病耐药性和易感性特征相关的遗传途径.
主要方法:
- 深度RNA测序是在9只克什米尔Favorella和10只肉的肝脏和脏样本上进行的.
- 在RNA测序数据上进行了SNP和插入/删除 (INDEL) 识别分析.
- 使用了路径丰富分析,蛋白质与蛋白质相互作用分析和家族基因分析.
主要成果:
- 共有1778个和1459个SNP/INDEL分别被确定为克什米尔Favorella和肉的特异性.
- 肉在代谢途径中表现出丰富,而克什米尔Favorella在与免疫相关的途径中表现出丰富 (MAPK,Wnt,NOD类受体信号传递).
- 基因组学分析清楚地将本地耐药品种与商业敏感品种分开.
结论:
- 克什米尔Favorella中的高影响性SNP与免疫相关的途径有关,可能会赋予沙门氏菌耐药性.
- 在易受感染的肉中,代谢途径突出.
- 研究结果提供了对遗传多样性的见解,并支持基因组选择,以提高家禽的疾病抵抗力.
