综合IBD分析,GWAS分析和转录组分析以确定玉米白斑疾病的候选基因
Dong Wang1,2, Yue He1,2, Lei Nie1,2
1College of Agriculture, Guizhou University, Guiyang 550006, China.
International journal of molecular sciences
|June 28, 2023
概括
基金家长对于玉米育种至关重要. 这项研究确定了与玉米白斑耐药性相关的遗传标记物,有助于为中国西南地区开发更有弹性的作物.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 农作物育种 农作物育种
- 农业科学 农业科学
背景情况:
- 基础家长 (FP) 在玉米育种中至关重要.
- 玉米白斑 (MWS) 在中国西南地区显著降低了作物产量.
- 导致MWS耐药性的遗传机制尚不清楚.
研究的目的:
- 确定与精英玉米系中MWS耐药性相关的遗传因素.
- 整合全基因组关联研究 (GWAS) 和转录组分析以获得功能性见解.
- 探讨身份依血统 (IBD) 分段在MWS抵抗中的作用.
主要方法:
- 使用MaiseSNP50芯片 (约60,000个SNP) 对143个精英玉米品种的基因定型.
- 在三个环境中对MWS电阻的表型评估.
- 综合GWAS和转录组分析以确定候选基因和区域.
主要成果:
- 在FP QB512,QR273和HCL645分别确定了225,192和197个独特的IBD细分.
- 检测到与MWS相关的15个定量特征核酸 (QTNs),其中SYN10137-PZA00131.14在QB512的IBD部分中发现,并在QR273的后代中流行.
- 通过综合分析,在显著的SYN10137-PZA00131.14区域内定位了候选基因Zm00001d031875.
结论:
- 这项研究为玉米中MWS耐药性的遗传基础提供了新的见解.
- 确定了特定的IBD细分和QTN,可以用于在育种计划中进行标记器辅助的选择.
- 候选基因Zm00001d031875需要进一步研究其在MWS耐药性中的作用.
