通过分子对接,发现烯作为新型HCV NS5B聚合酶抑制剂
Tomasz M Karpiński1, Marcin Ożarowski2, Pedro J Silva3,4
1Chair and Department of Medical Microbiology, Poznań University of Medical Sciences, Rokietnicka 10, 60-806 Poznań, Poland.
Pathogens (Basel, Switzerland)
|June 28, 2023
概括
这项研究选了1893种烯对抗型肝炎病毒 (HCV) NS5B聚合酶的活性. 几种烯显示出有希望的in silico结果,其中mulberrofuran G,cochlearine A和 pawhuskin B被确定为潜在的竞争性抑制剂.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 计算化学计算化学
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 型肝炎病毒 (HCV) 构成了全球健康的重大威胁,在全球造成了众多感染和死亡.
- 有效和安全的抗病毒疗法对于控制HCV至关重要,需要缺乏额外肝毒性的药物.
研究的目的:
- 为了评估1893烯对HCVNS5B聚合酶的in silico抗病毒活性.
- 确定基于的新型化合物,这些化合物有可能作为HCV治疗的竞争性抑制剂.
主要方法:
- 在使用GOLD和InstaDock软件对抗HCV NS5B聚合酶 (PDB-ID: 3FQK) 的1893烯的分子对接.
- 对对接分数 (PLP.Fitness,pKi,结合自由能量),药物相似性 (利宾斯基五项规则) 和ADMET属性 (SwissADME,pkCSM) 的分析.
- 分子动力学模拟 (150 ns) 以评估选定的聚合酶复合物的结合稳定性.
主要成果:
- 与对照药物索福斯布维尔和达萨布维尔相比,九种烯表现出优异的对接结果.
- 穆尔贝罗夫兰G,耳蛋白A和皮B (两种立体同位素) 在活性位点内表现出高度稳定的相互作用,表明它们具有作为竞争性抑制剂的潜力.
- 其他化合物表现出较弱的结合,或在稳定结合之前需要显著的形状调整.
结论:
- 诸如mulberrofuran G,cochlearine A和 pawhuskin B等烯是开发新型C型肝炎病毒NS5B聚合酶抑制剂的有希望的候选物.
- 对这些化合物的进一步研究可能会导致针对HCV感染的新治疗策略,并改善安全性.
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