深度测序和BK病毒和JC病毒的分子表征WHO临床诊断使用国际参考材料
Sheila Govind1, Martin Fritzsche2, Adrian Jenkins1
1Division of Infectious Disease Diagnostics, National Institute for Biological Standards and Control (NIBSC), South Mimms EN6 3QG, UK.
Viruses
|June 28, 2023
概括
世卫组织的BK和JC多重型病毒 (BK多重型病毒和JC多重型病毒) 国际标准使用先进的测序进行了表征. 尽管基因组存在差异,但这些标准有效地协调了免疫抑制患者的诊断试验.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 分子诊断学 分子诊断
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 在免疫抑制过程中,JC和BK多元病毒可以重新激活,导致严重的临床问题,如脏病和渐进的多焦点白内障.
- 精确的病毒载荷确定对于管理这些疾病至关重要,需要标准化的分子检测系统.
- 世界卫生组织第1项BK多瘤病毒 (BKV) 和JC多瘤病毒 (JCV) 核酸检测国际标准于2015年制定,以提高试验的可比性.
研究的目的:
- 对世卫组织BKV和JCV.国际标准进行全面的序列表征.
- 为了验证全长病毒基因组的序列身份,组成和完整性.
- 评估基因组变异对这些标准对测试协调有用性的影响.
主要方法:
- 利用短读和长读下一代测序技术进行全面的基因组表征.
- 使用数字PCR (dPCR) 进行验证量化.
- 应用了滚动圆放大 (RCA) 协议,以尽量减少测序错误并验证病毒DNA完整性.
主要成果:
- 下一代测序揭示了分析病毒基因组中的复杂基因重排,重复和删除的子群.
- 数字PCR提供了病毒载量和基因组组成的独立确认.
- 尽管发现了多态性,但病毒基因组的整体完整性得到了证实.
结论:
- 世卫组织关于BKV和JCV的国际标准包含基因组变异,包括删除和重新排列.
- 这些变化并没有显著影响标准协调诊断试验的能力,正如之前的合作研究所证明的那样.
- 这些发现突出了在临床分子诊断中产生和使用国际标准的重要考虑因素.
