在丹麦动物园使用便携式元基因组测序系统检测无偏的病毒
Anna S Fomsgaard1,2, Stamatios A Tahas3, Katja Spiess1
1Department of Virus & Microbiological Special Diagnostics, Statens Serum Institut, 5 Artillerivej, 2300 Copenhagen, Denmark.
Viruses
|June 28, 2023
概括
便携式下一代元基因组测序 (mNGS) 能够快速地在动物身上发现病毒. 这项研究适应了mNGS用于现场使用,在动物园设施中识别了各种病毒,包括潜在的致命病毒.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 转基因组学是指转基因组学.
- 传染病监测 传染病监测 传染病监测 传染病监测
背景情况:
- 甲基因组下一代测序 (mNGS) 显示了在人类和动物界面检测新型病毒的前景.
- 之前的工作为人类临床样本建立了一个mNGS协议.
- 现场部署的病毒检测对于快速响应和疾病管理至关重要.
研究的目的:
- 适应和验证一个便携式mNGS协议,用于在模拟现场环境中对动物进行非向病毒检测.
- 评估mNGS在动物园设施中识别广泛的RNA和DNA病毒的能力.
- 证明mNGS在检测潜在致命和跨物种病毒方面的实用性.
主要方法:
- 用于mNGS的可运输,电池驱动的设备.
- 应用非向的mNGS方法来检测来自动物园的动物样本中的RNA和DNA病毒.
- 分析了元基因组数据以识别病毒序列.
主要成果:
- 在四个主要病毒群中检测到13种脊椎动物病毒: (+) sRNA, (+) sRNA-RT,dsDNA和 (+) sDNA.
- 确定了特定的病毒,包括禽类白血病病毒,动物性鼻瘤病毒和CRESS DNA病毒.
- 成功检测出可能致命的病毒,如大象内皮热性疹病毒和交叉物种的gemykibivirus 2.
结论:
- 便携式mNGS协议对于在不同动物种群中实地检测病毒是有效的.
- 这项技术可以在现场条件下快速识别已知和新型病毒.
- mNGS增强了对动物传播和潜在致命动物病毒的监视能力.
