在几种癌症类型的常规处理瘤样本中,PCR和NGS检测微卫星不稳定的一致性
Stephan Bartels1, Isabel Grote1, Madeleine Wagner1
1Institute of Pathology, Hannover Medical School, Hannover, Germany.
Cancer medicine
|June 28, 2023
概括
下一代测序 (NGS) 是FFPE瘤DNA中微卫星不稳定性 (MSI) 分析的可行方法,与MSI-PCR显示高一致性. 然而,在子宫内膜癌中常见的微妙MSI+表型可能需要毛细管电泳,以避免假阴性NGS结果.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 遗传学 遗传学 是一个
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 微卫星不稳定性 (MSI) 是各种癌症的重要生物标志物,对于预后和预测免疫检查点治疗的反应至关重要.
- 在DNA不匹配修复 (dMMR) 系统中存在缺陷,其特征是蛋白质表达丧失 (MSH2/MSH6或MLH1/PMS2),是MSI的基础.
- 这项研究侧重于MSI分析在甲固定嵌 (FFPE) 瘤标本中.
研究的目的:
- 评估基于AMPLICON的下一代测序 (NGS) 试验对MSI检测的可行性和一致性,与基于毛细管电泳的标准MSI-PCR面板相比.
- 评估NGS在不同癌症类型的表现,包括结直肠癌 (CRC),子宫内膜癌 (EC) 和胃腺癌 (STAD).
主要方法:
- 对263个FFPE瘤样本 (127个CRC,55个EC,33个STAD,48个其他固体瘤) 的分析.
- 利用基于毛细电泳的多重单态标记MSI-PCR面板和基于AMPLCON的NGS试验来检测MSI.
- 选择了103例已知的dMMR (MSH2/MSH6或MLH1/PMS2蛋白表达损失),不包括孤立的MSH6或PMS2损失.
主要成果:
- NGS试验与MSI-PCR具有很高的整体一致性,灵敏度为92.2%和特异性为98.8%.
- 在结直肠癌 (CRC) 病例中观察到接近最佳的一致性 (灵敏度为98.1%,特异性为100.0%).
- 子宫内膜癌 (EC) 病例的敏感度 (88.6%) 和特异性 (95.2%) 较低,原因是微妙的MSI+表型挑战了NGS分析.
结论:
- 使用NGS对FFPEDNA的MSI分析是一种可行的方法,与MSI-PCR高度一致.
- 呈现微妙MSI+表型的病例,尤其在EC中普遍存在,在NGS中存在假阴性结果的风险,并且通过毛细管电泳更好地分析.
- 这些发现强调了根据瘤类型和表型选择适当的MSI检测方法的重要性,以获得准确的临床应用.
