与前体同隔离的数据依赖获取改善了无标签单细胞蛋白质组的蛋白质覆盖和测量吞吐量
Thy Truong1, Kei G I Webber1, S Madisyn Johnston1
1Department of Chemistry and Biochemistry, Brigham Young University, Provo, UT, 84602, USA.
Angewandte Chemie (International ed. in English)
|June 28, 2023
概括
研究人员开发了一种新方法,使用宽窗采集 (WWA) 来量化单细胞中的3000多种蛋白质. 这种技术增强了蛋白质组覆盖范围,并使单细胞蛋白质组分析能够快速,无标签地进行.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 单细胞分析在蛋白质组深度和吞吐量方面提出了重大挑战.
- 无标签量化需要高度敏感和高效的方法来进行全面的蛋白质识别.
研究的目的:
- 开发和验证一种用于从单细胞中量化数千种蛋白质的新型蛋白质组策略.
- 提高基于无标签质谱的分析中的蛋白质覆盖和效率.
- 为了比较单细胞的全蛋白体表达变化,有和没有特定的自基因淘汰.
主要方法:
- 集成高效的样品制备与超低流量液体染色学.
- 实施新的数据采集和分析方案:宽窗采集 (WWA).
- WWA使用大型隔离窗来共同隔离和共同碎片化前体离子.
- 与标准数据依赖获取 (DDA) 相比,WWA绩效的比较.
主要成果:
- 使用WWA.量化每个单细胞大小的分量>3,000个蛋白质.
- 与标准的DDA相比,WWA增加了MS2识别的蛋白质~40%.
- 高蛋白质覆盖率 (平均3 524种蛋白质) 通过40分钟的LC梯度在~15nL/min时实现.
- 20分钟的梯度保留了相当大的蛋白质组覆盖率 (~90%).
- 在atg9a淘汰和WT单个HeLa细胞之间确定了268种显著差异表达的蛋白质.
结论:
- 开发的WWA平台能够快速,无标签地从单细胞中量化超过3000种蛋白质.
- WWA显著提高了单细胞蛋白质组学中的蛋白质组覆盖率和分析效率.
- 不同蛋白质组分析揭示了与天生的免疫力,囊泡贩运和ATG9A淘汰后蛋白质降解相关的显著变化.
