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Updated: Jul 25, 2025
08:40
Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues
Published on: October 31, 2016
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长读测序揭示了人类肠道基因组中广泛的DNA甲基化,由普遍菌体编码的甲基转移酶贡献
Chuqing Sun1, Jingchao Chen1, Menglu Jin1
1Key Laboratory of Molecular Biophysics of the Ministry of Education, Hubei Key Laboratory of Bioinformatics and Molecular Imaging, Center for Artificial Intelligence Biology, Department of Bioinformatics and Systems Biology, College of Life Science and Technology, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan, Hubei, 430074, P. R. China.
Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
|June 29, 2023
概括
大多数肠道菌体 (菌体) 使用DNA甲基化来生存,许多人编码自己的DNA甲基转移酶 (MTases),帮助逃避宿主防御和预测菌体与宿主相互作用.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- DNA甲基化对于细菌体 (菌体) 的生存至关重要,但它们的甲基化模式尚未得到充分理解.
- 了解菌体甲基化是破译菌体与宿主相互作用和菌体生物学的关键.
研究的目的:
- 分析大量肠道菌体中的DNA甲基化模式.
- 研究菌体编码的DNA甲基转移酶 (MTases) 在甲基化和菌体生存中的作用.
- 探索菌体MTases在预测菌体与宿主关系方面的潜力.
主要方法:
- 单分子实时测序 (SMRT) 用于分析来自104个便样本的8848个高质量的甲基因组组装菌体中的DNA甲基化.
- 进行了计算分析,以确定甲基化模式,密度和相关因素.
主要成果:
- 分析的97.60%的肠道菌体显示DNA甲基化,密度因特定因素而异.
- 超过三分之一的菌体拥有自己的DNA甲基转移酶 (MTases),MTase副本增加与更高的甲基化密度和特定动机有关.
- 大多数菌体MTases与细菌MTases相同,这表明水平基因转移和预测菌体与宿主相互作用的潜力.
结论:
- DNA甲基化是肠道DNA菌体广泛采用的策略,以逃避宿主免疫系统.
- 菌体编码的MTases在基因组甲基化,菌体流行以及潜在的宿主相互作用和逃避中发挥着重要作用.
- 菌体MTases代表了准确预测菌体-宿主特异性的宝贵工具.
