通过强大的样本采集加速肠道微生物组研究
Zoe J Zreloff1, Danielle Lange1, Suzanne D Vernon1
1The BioCollective, 5650 Washington Street, Unit C9, Denver CO 80216.
Research & reviews. Journal of microbiology and biotechnology
|June 30, 2023
概括
优化人类便的收集和处理对于准确的肠道微生物组分析至关重要. 便同质化和稳定在4°C下24小时产生高质量的样本,具有一致的微生物多样性.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 人类健康 人类健康 人类健康
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 肠道微生物群对人类健康至关重要,但不理想的便样本采集和处理方法阻碍了研究.
- 劣质的生物材料损害了数据完整性,减缓了科学发现,并导致研究资金被浪费.
研究的目的:
- 为了研究便样本的异质性,并评估肠道微生物组分析的最佳处理参数.
- 建立一个标准化的协议,用于收集和处理人类便样本,以获得可靠的微生物组概况.
主要方法:
- 从健康的志愿者那里收集了整个肠道的排便,用于异质性和处理参数测试.
- 利用16S rRNA测序和生物信息分析来描述微生物组合.
- 从不同的便部分和各种加工条件 (新鲜,冷,均,稳定) 中比较了微生物组概况.
主要成果:
- 微生物组的组成根据所采样的便部分 (皮质与核心) 有显著差异.
- 同质化和4°C稳定24小时,与新鲜或冷样本相比,产生了优越的微生物多样性.
- 在加工和储存过程中,新鲜和冷样本中发生了细菌的增殖 (例如 Bacteroidetes) 和减少 (例如 Firmicutes, Proteobacteria).
结论:
- 便微生物组概况是特定于区域的,强调需要标准化采样.
- 采集管道包括同质化和4°C稳定24小时,确保高质量,一致的样本用于银行和分析.
- 这种优化的协议对于推进对健康和疾病中的肠道微生物群的理解至关重要.
