ViCloD是一个交互式的网络工具,可用于可视化B细胞目录和分析克隆内多样性:适用于人类B细胞瘤

科学领域:

• 免疫学 免疫学 免疫学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 适应性免疫受体谱的高通量测序 (AIRR-seq) 产生了大量的人类免疫球蛋白 (IG) 序列数据.
• 这些数据对于研究B细胞受体 (BCR) 进化,体变异和亲和力成熟至关重要,这些都是产生抗体和免疫反应的关键.
• 目前的计算工具缺乏有效和互动的方法来分析这些大型数据集中的克隆内多样性.

研究的目的:

• 开发一个高效和交互式的Web服务器,用于大规模的目录克隆性和内克隆多样性的视觉分析.
• 为研究人员和临床医生提供一种易于使用的工具,用于在生物和临床环境中探索适应性免疫受体谱.
• 为了促进对抗体进化,疫苗驱动的幽默反应和B细胞瘤克隆架构的理解.

主要方法:

• 开发ViCloD,一个使用适应性免疫受体目录 (AIRR) 社区格式预处理数据的Web服务器.
• 执行克隆分组和进化分析,包括目录导航,克隆丰度分析和克隆内进化树重建.
• 优化处理管道以快速处理数十万个序列.

主要成果:

• ViCloD提供了一系列有用的图片,用于克隆谱系检查和对目录克隆性的视觉分析.
• 服务器提供了用于目录导航,克隆丰度分析和进化树重建的功能.
• 用户可以下载分析的数据并保存生成的图表,支持各种研究需求.

结论:

• ViCloD是一种简单,多功能和用户友好的工具,用于从AIRR-seq数据中分析B细胞内克隆多样性.
• ViCloD的高效处理能力使得能够快速调查大型和复杂的免疫资料.
• 这种工具可以显著帮助研究人员和临床医生了解适应性免疫和相关疾病.