机器学习和生物信息学框架的整合揭示了潜在的特征基因,这些基因与孕前的免疫细胞透有关
Lilian Bai1, Yanyan Guo1, Junxing Gong2
1Shanghai Key Laboratory of Embryo Original Diseases, The International Peace Maternity and Child Health Hospital, School of Medicine, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China.
Frontiers in physiology
|June 30, 2023
概括
鉴定出了孕前的生物标志物LEP,SASH1,RAB6C和FLT1,提供了潜在的诊断和治疗标. 这些基因与胎盘免疫细胞透有关,促进了对子宫前病理学的理解.
科学领域:
- 生殖生物学 生殖生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 遗传学是一种遗传学.
背景情况:
- 孕前症对母亲和孩子都有很大的风险.
- 了解胎盘免疫微环境对于产前治疗至关重要.
- 识别特征基因可以阐明子宫前的病理机制.
研究的目的:
- 在孕前症中选差异基因.
- 为了确定潜在的生物标志物用于产前的诊断和治疗.
- 分析胎盘微环境中的免疫细胞透.
主要方法:
- 使用limma包的差异基因查.
- 丰富分析 (GO,KEGG,DO,GSEA) 进行.
- 通过LASSO,SVM-RFE和随机森林算法识别生物标志物.
- 使用CIBERSORT进行免疫细胞透分析.
- 使用RT-qPCR进行基因表达验证.
主要成果:
- 确定了73个与生殖发育和荷尔蒙输送相关的不同基因.
- 凯格分析强调了细胞因子-细胞因子受体相互作用和IL-17信号通路.
- LEP,SASH1,RAB6C和FLT1被确定为与免疫细胞相关的潜在胎盘生物标志物.
结论:
- 在孕前症中,差异表达的基因与炎症反应有关.
- LEP,SASH1,RAB6C和FLT1显示为孕前的诊断和治疗标.
- 这些生物标志物与免疫细胞透有关,有助于了解孕前的病理生理学.
