描述剂量依赖功能基因组学方法的时间变异性和可重复性,用于评估 triclosan 毒性
Miao Guan1, Yuqi Cao1, Xiaoyang Wang1
1Jiangsu Key Laboratory for Biodiversity and Biotechnology, College of Life Sciences, Nanjing Normal University, 1 Wenyuan Rd., Nanjing, Jiangsu 210023, China.
The Science of the total environment
|June 30, 2023
概括
这项研究优化了剂量依赖的功能基因组学,用于化学安全评估. 它确定了化学毒性研究中可重现结果的最佳实验设计,提高了识别分子发起事件的准确性.
科学领域:
- 毒素基因组学 毒素基因组学
- 功能性基因组学 功能性基因组学
- 化学安全评估 化学安全评估
背景情况:
- 剂量依赖的功能基因组学识别了化学中毒的分子发起事件 (MIE) 和起点 (POD).
- 实验设计因素,如剂量,复制物和时间,影响POD的变化和重复性.
研究的目的:
- 使用剂量依赖的功能基因组学方法评估POD概况和MIE在三松 (TCS) 暴露下的变异性.
- 在毒理学研究中确定POD和MIE识别的最佳实验设计.
- 为了确定TCS暴露的生物标志物.
主要方法:
- 在Saccharomyces cerevisiae中使用了剂量依赖的功能基因组学方法.
- 分样采用完整数据集 (9个度,6个复制品) 484次模拟各种实验设计 (4个剂量组,5个复制品数).
- 分析了POD档案,并在多个时间点 (9h, 24h, 48h) 确定了MIE.
主要成果:
- 最佳的实验设计涉及广泛的剂量范围,在高度 (剂量C) 和三次复制时间隔狭窄.
- 跨设计的POD变异性是强大的,主要受到剂量范围/间隔的影响,而不是复制数.
- 葡萄糖脂代谢途径被确定为所有时间点的TCS中毒的MIE.
- 13个关键突变菌株参与TCS中毒MIE被确定为潜在的生物标志物.
结论:
- 剂量依赖的功能基因组学方法是可重复和有效的MIE识别.
- 实验设计,特别是剂量范围和间隔,显著影响POD,而复制数量的影响较小.
- 识别的MIE和生物标志物为TCS毒性机制提供了洞察力,并有助于未来研究设计.
